Hier scheint er es gut gefunden zu haben: ein Bett zum Schlafen und warmes Essen jeden Tag! Nur fragt sich Krabat, warum ihn die anderen Müllersburschen mit misstrauischen Blicken mustern und nicht willkommen heißen wollen. Aber es bleibt ihm nicht viel Zeit, sich hierüber Gedanken zu machen, denn sofort beginnt der Alltag auf der Mühle. Die Aufgaben sind hart, der Meister (
Christian Redl) unerbittlich mit den Gesellen. Doch Krabat packt tatkräftig an. Schließlich will er dem Meister seine Dankbarkeit beweisen. Schon bald lernt Krabat das Geheimnis der Mühle kennen: Sie ist eine Zauberschule, die der "Dunklen Seite" angehört, ein Hort der unseligen Schwarzen Magie.
Nach dem ersten Jahr wird Krabat zum Gesellen. Er ist fasziniert davon, dass er nun, genau wie die anderen, tagsüber seine Zauberkräfte für die schwere Arbeit einsetzen kann. Der Meister lehrt seine Zauberlehrlinge auch, sich durch Zeit und Raum zu bewegen. In Raben verwandelt fliegen sie über Wälder und Landschaften. Als Krabat auf einem seiner seltenen Ausflüge dem Bauernmädchen Kantorka (
Paula Kalenberg) begegnet, verliebt er sich auf den ersten Blick in sie. Sein einziger Freund versucht ihn zu warnen - der Meister duldet keinen Umgang mit Fremden - aber von nun ab will Krabat nur eines: sie wieder treffen, um ihre Zuneigung zu gewinnen.
Einmal im Jahr fordert der Meister seinen besten Schüler zum tödlichen Wettstreit heraus, um so sein eigenes Leben um ein weiteres Jahr verlängern zu können. Krabat sieht seinen engsten Freund sterben und erkennt, dass es an ihm ist, nicht der zerstörerischen Macht der Schwarzen Magie zu verfallen, sondern den Meister zu bekämpfen und zu besiegen. Dazu benötigt er jedoch Verbündete, aber er weiß nicht, ob er seinen Kameraden trauen kann. Die einen sind zu schwach, andere scheinen dem Müller bereits ihre Seelen verkauft zu haben. Der Küchenjunge Juro (
Hanno Koffler), der vermeintliche Dummkopf, stellt sich als sein einziger Verbündeter heraus. Mit dessen Hilfe erfährt Krabat von den geheimsten Mysterien aus dem verbotenen Buch des Meisters: Er lernt, den Willen anderer zu beherrschen, und dass es der Liebe eines Mädchens bedarf, um den Meister zu überwinden.
Als der Meister in Krabat einen heranwachsenden Konkurrenten erkennt, versucht er ihn auf seine Seite zu ziehen. Er bietet ihm seine Nachfolge als Meister auf der Mühle an: Reichtum und Macht - alles ist möglich mit Schwarzer Magie! Das Angebot ist verführerisch, aber Krabat kann sich auf die Dinge besinnen, die wirklich für ihn zählen: Liebe, Freundschaft, Vertrauen.
Es kommt zum Kampf auf Leben und Tod - der Meister setzt noch nie gesehene Zauberkräfte ein. Und Krabat versucht vergeblich, ihm ein ebenbürtiger Gegner sein zu können. Doch als der Meister den Kampf für sich zu entscheiden droht, steht Kantorka zu ihrem Wort und erscheint auf der Mühle, um Krabat freizubitten. Nun tritt die Kraft der Liebe gegen die Schwarze Magie an…