Mit seinem Zahlencode gelangt der Mann ohne Gedächtnis an das Schließfach einer Schweizer Bank. Dort findet er neben reichlich Bargeld und einer Waffe auch etliche Pässe verschiedener Nationen, alle ausgestellt auf den Namen Jason Bourne und versehen mit seinem Foto. Bourne verstaut den Inhalt in einer roten Tasche, als er kurze Zeit später auf den Straßen von Zürich von der Polizei verfolgt wird, flüchtet er in die US-Botschaft. Zeitgleich informiert ein Angestellter der Bank die CIA-Zentrale in Langley, wo sich der Abteilungsleiter Conklin (
Chris Cooper) sehr verärgert über die Neuigkeiten zeigt. Im Besucherraum der Botschaft fällt dem höchst wachsamen Bourne Marie, eine junge Frau (
Franka Potente) auf, die Probleme mit ihrem Visum hat. Als das Sicherheitspersonal den Mann mit der roten Tasche festnehmen will, gelingt Bourne trotz der Übermacht die Flucht in die oberen Etagen der Botschaft. Schwerbewaffnete Soldaten machen sich auf die Suche nach dem Eindringling, mit einer waghalsigen Kletteraktion über die Außenfassade kann Bourne entkommen.
In einer Nebenstraße entdeckt er die junge Frau aus der Botschaft wieder. Er bietet ihr 10.000 Dollar, wenn sie ihn mit ihrem roten Mini Cooper nach Paris bringt. Zögerlich stimmt Marie dem Angebot zu, bei ihrer Fahrt erzählt ihr Jason seine unglaubliche Geschichte. Unterdessen herrscht in der CIA-Zentrale hektische Betriebsamkeit. Mit Hilfe der Videobänder aus den Überwachungskameras werden Fahndngsfotos der beiden Flüchtigen an Interpol geschickt, zudem aktiviert der zwielichtige CIA-Chef seine Spezialagenten in ganz Europa, um Jason Bourne auszuschalten. Die Chefetage des Geheimdienstes gerät derweil unter Druck, weil ein afrikanischer Ex-Diktator damit droht, diverse Machenschaften aufzudecken. In Paris angekommen, begibt sich Bourne zu jener in seinem Pass angegebenen Adresse. Die Concierge erkennt ihn sofort wieder und lässt ihn in die luxuriöse Wohnung. Während Bourne im Apartment nach Spuren seiner Identität sucht und sich Marie im Badezimmer frisch macht, stürzt plötzlich ein Angreifer mit einer Maschinenpisole durch das Fenster. Bei einem spektakulären Kampf kann Bourne den Angreifer ausschalten.
Auf der Straße wartet wenig später bereits die nächste Bedrohung in Person französischer Polizisten. Nur mit einer waghalsigen Fahrt im Mini Cooper über die Boulevards und Treppen von Paris können die Verfolger abgeschüttelt werden. In einem kleinen Hotel finden Bourne und Marie Unterschlupf - und kommen sich näher. Als ein Agent den gleichfalls in Paris weilenden Ex-Diktator liquidiert, wird der Tatverdacht auf Bourne gelenkt. Bourne und Marie wollen auf den abgelegenen Bauernhof ihres Stiefbruders flüchten. Doch die US-Agenten haben das Umfeld der Deutschen längst im Zielfernrohr...