In Marias Abwesenheit haben Protestanten die Kontrolle über Schottland erlangt und ihr Halbruder James, Earl OfMoray (
James McArdle) regiert an Marias Stelle. Der einflussreiche John Knox (
David Tennant) führt Schottlands Protestanten an und glaubt, dass ein weiblicher Monarch der Natur zuwider und gegen Gottes Willen ist. In England drängt man Marias Cousine, Queen Elisabeth I. (
Margot Robbie), dazu, zu heiraten und einen Erben in die Welt zu setzen. In Schottland sieht sich Maria mit Verschwörungen, Volksaufständen und Hass gegen Frauen konfrontiert – außerdem stellt man ihre sexuelle Orientierung permanent in Frage.
Aufgrund der Erbfolge hat Maria durch ihre Geburt einen rivalisierenden Anspruch auf den Thron ihrer Cousine Elisabeth. Die beiden Königinnen üben eine besondere Faszination aufeinander aus, was auch damit zu tun hat, dass nur sie verstehen können, was bedeutet, als Frau ein Land zu regieren. Maria bietet ihrer Cousine deshalb ihre Freundschaft und einen Vertrag an, der das Problem der beiderseitigen Ansprüche auf den Thron regelt. Doch durch die blutige und extreme Politik ihrer Höfe werden die beiden immer wieder entzweit.
Maria trotzt den Ratschlägen ihrer Berater und Englands Willen, eine politische Heirat einzugehen und damit ihren Sohn James I. (
Andrew Rothney) zum Erben beider Königreiche zu machen. Nach dessen Geburt besteht noch einmal eine Möglichkeit, sich zu verbünden und Frieden zu schließen. Doch Marias Feinde sind zu zahlreich und Elisabeth beobachtet mit wachsendem Entsetzen die Grausamkeiten, Intrigen und Gewalt an Marias Hof. In Bezug auf Heirat, Kinder und Regentschaft treffen beide Frauen unterschiedliche Entscheidungen. Durch diese Entscheidungen sind beide Frauen auf ewig in die Geschichte eingegangen...