ENCOM-Chefin Eve Kim (
Greta Lee) und ihr Partner Seth Flores (
Arturo Castro) reisen zu einer abgelegenen Forschungsstation in Alaska, die Kevin Flynn vor langer Zeit gebaut hat. Sie hoffen, dort den sogenannten „Permanenzcode“ zu finden, der die Grenze von 29 Minuten sprengt, wie lange digitale Wesen in der echten Welt existieren können. Tatsächlich stoßen sie auf den Code und schaffen es, einen digitalen Orangenbaum in die Realität zu bringen, wo er mehrere Stunden überlebt.
Währenddessen stellt Julian im Dillinger-Hauptquartier den Aktionären das neue Master Control Program namens Ares (
Jared Leto) vor – ein „perfekter, entbehrlicher Soldat“. Ares zeigt sich selbstbewusst und erkennt, dass Julian wenig Interesse an seinem Überleben hat, sondern mehr an den Auswirkungen in der echten Welt. Nach der Dematerialisierung von Ares ist Julians Mutter Elisabeth (
Gillian Anderson) besorgt über dessen kurze Lebensdauer. Julian hört jedoch nicht auf sie und setzt Ares ein, um ENCOMs Mainframe zu hacken und den Code zu stehlen. Es kommt zum Showdown, als Ares Eves persönliche Daten herunterlädt. Bei der Flucht versucht Ares, das verletzte Programm Caius zu retten, doch Julian zieht ihn raus und legt das ENCOM-Grid lahm.
Eve und Seth schaffen es zurück zu ENCOM – mit einem USB-Stick im Gepäck. Ajay Singh (
Hasan Minhaj) warnt sie vor Julians Cyberangriff, und Eve flüchtet rechtzeitig. Julian und Ares jagen ihr auf Lichträdern hinterher. Eve schlägt Athena (
Jodie Tuner-Smith), übernimmt deren Lichtrad und rast weiter. Am Hafen stellt Ares sie, doch Eve zerstört den USB-Stick. Ares erkennt Eves Mitgefühl, bevor Julian sie digitalisiert und ins Dillinger-Grid überträgt. Dadurch lösen sich Ares und Athena auf.
Julian lässt sich nicht stoppen und will den Code unbedingt zurückholen. Ares erklärt, dass das mit Eves Identitätsdisc möglich wäre, was allerdings tödlich für sie wäre – Julian ist das egal. Ares lügt Athena an und behauptet, Julian sei verhindert, um mit Eve über einen Deal zu verhandeln: Permanenz gegen ihre Freiheit. Athena wird misstrauisch, kontaktiert Julian und befiehlt Ares, sich zu löschen. Doch Ares und Eve entkommen und kehren zum Dillinger-Hauptquartier zurück, wo Julian Ares noch verspottet, während dieser flieht...