Der Film spielt in den 1960er Jahren, zu Beginn des Weltraumzeitalters. John F. Kennedys Stern strahlte, das Volk liebte seinen Präsidenten und vertraute ihm. Gleichzeitig befand man sich aber auch auf dem Höhepunkt des Kalten Krieges, die Streitigkeiten zwischen den beiden Großmächten, der USA und der UdSSR, eskalierten, die Spannungen wurden immer größer. Diese Feindschaft bedrohte die gesamte Menschheit – und in diesem Moment erfährt die Welt von der Existenz der Mutanten.
Genau zu dieser Zeit treffen sich Charles Xavier (
James McAvoy) und Erik Lehnsherr. Doch ehe Charles und Erik (
Michael Fassbender) die Namen und Identitäten Professor X bzw. Magneto annahmen, waren sie zwei junge Männer, die ihre Superkräfte entdeckten. Bevor sie zu Erzfeinden wurden, waren sie beste Freunde. Sie kooperierten und arbeiteten mit anderen Mutanten daran, die größte Bedrohung der Menschheitsgeschichte abzuwenden...