Zwei Jahre ist es her, seit das berühmte Detektivbüro Mystery Inc. geschlossen wurde, weil die Superschnüffler sich heillos zerstritten hatten. Jetzt werden Scooby-Doo und seine cleveren Ex-Partner Fred Jonas (
Freddie Prinze jr.), Daphne Blake (
Sarah Michelle Gellar), Norville "Shaggy" Rogers (
Matthew Lillard) und Velma Dinkley(
Linda Cardellini) einzeln und unabhängig voneinander engagiert, um in dem ultra-angesagten Ferienclub Spooky Island gewisse übernatürliche Vorfälle zu klären. Emile Mondavarious (
Rowan Atkinson), der Besitzer von Spooky Island, fürchtet nämlich, dass es in seinem besonders bei Studenten ungeheuer beliebten Ferienclub tatsächlich spukt, und er setzt alles daran, die immer noch eingeschnappten Detektive wieder zu versöhnen, damit sie das unheimliche Rätsel lösen, bevor die College-Gäste vor Angst die Flucht ergreifen.